Đảo Sơn Ca không có nguồn nước ngọt tự nhiên. Đất đai trên đảo là cát san hô phủ một lớp mùn mỏng lẫn phân chim nên màu mỡ hơn các đảo khác. Thảm thực vật tại đây đa dạng và xanh tốt với trên 3.000 cây lâu năm trong đó có nhiều cây có tuổi đời trên 60 năm. Các loài thực vật trên đảo bao gồm dừa, bàng vuông, muống biển, phi lao, sồi và một số loài cỏ thân mềm có nguồn gốc tự nhiên hoặc do con người mang từ đất liền ra. Một vài loài cây ăn quả như bưởi, mít, na, ổi và thanh long cũng đang được trồng mới.[8]

Vùng biển xung quanh đảo có nhiều loài cá có giá trị kinh tế cao như cá chim, cá mú, cá ngừ, cá thu cùng các loài ốc và hải sâm. Chim chóc cũng thường ghé thăm đảo này. Khí hậu của đảo mang đặc trưng của khu vực Trường Sa với mùa hè mát và mùa đông ấm; mùa khô bắt đầu từ tháng 2 đến tháng 5 còn mùa mưa từ tháng 5 đến tháng 1 năm sau. Nhiều tàu thuyền từ ven biển Việt Nam và các nước trong vùng đến đánh bắt, khai thác và chế biến hải sản trong mùa khô khi thời tiết thuận lợi.